Под различительной функцией фонем понимается их способность оформлять звуковой облик разных слов и аффиксов в пределах конкретного национального языка. Наиболее последовательно способность к различению единиц высших уровней (лексического и морфологического) проявляется при сопоставлении минимальных пар.
Так, наличие слов МАЛ, МОЛ, МУЛ доказывает, что А, О, У являются самостоятельными фонемами в русском языке, а слова МОЛ - МЁЛ, МАЛ - МЯЛ, где буквами О-Ё, А-Я обозначается твердость-мягкость предшествующего согласного, демонстрируют, что в русском языке звуки [м] и [м'] являются разными фонемами (противопоставленность русских согласных по твердости-мягкости является одной из основных особенностей системы русского консонантизма).